De 2003 à 2012, Sylvain Maurice dirige le Nouveau Théâtre – Centre dramatique national de Besançon et de Franche-Comté.

Dans ce cadre, il poursuit son travail sur le répertoire – Richard III de William Shakespeare, Peer Gynt d'Henrik Ibsen, Œdipe de Sénèque – sur les écritures contemporaines – Dealing With Clair de Martin Crimp – et le théâtre jeune public – Bidules, Trucs de Pierre Notte. Il développe également un important travail sur la marionnette qui trouve son aboutissement avec Les Sorcières de Roald Dahl.

À la suite de sa mise en scène de Kanzlist Krehler de Georg Kaiser au Deustches Theater de Berlin, il développe son travail à l’international en produisant avec le Festival International de Tokyo le spectacle Des utopies ? – coécrit et mis en scène avec le dramaturge japonais Oriza Hirata et le dramaturge iranien Amir Reza Koohestani.

Enfin, il engage un travail pluridisciplinaire à l’occasion de son adaptation de La Chute de la Maison Usher (avec dans le rôle-titre Jeanne Added), théâtre musical et visuel, librement inspiré de la nouvelle d'Edgar Poe.

À l’issue de trois mandats au CDN de Besançon, Sylvain Maurice crée la compagnie [Titre provisoire] qui produit Métamorphose, spectacle librement adapté de Franz Kafka, au Théâtre national de Strasbourg en janvier 2013. C’est l’occasion, à travers ce spectacle basé sur les relations entre théâtre et vidéo de consolider sa collaboration avec Éric Soyer (scénographie et lumière) et Renaud Rubiano (vidéo).